Алгоритмы и программы множественного выравнивания. Базы гомологичных доменов

Алгоритм сравнения разных выравниваний одних и тех же последовательностей

Программа для сравнения выравниваний. Для каждого выравнивания выводит в stdout некоторые параметры (длину и процент выровненных колонок от длины выравнивания), далее пронумерованные блоки одинаково выровненных колонок. Формат блока одного из выравниваний (возможные значения координат - от 1 до длины выравнивания):

• если блок состоит из нескольких колонок: (s-f), где s - координата начала блока, f - координата конца блока;
• если блок состоит из одной колонки: (c), где c - координата единственной колонки, из которой состоит блок.

В выходной файл программа в столбик записывает номера одинаково выровненных колонок двух выравниваний в формате (c1,c2), где c1 - номер колонки в первом выравнивании, c2 - номер такой же колонки во втором выравнивании.

Для скачивания введите в kodomo: "wget https://kodomo.fbb.msu.ru/~kirtsova/term2/ac.py". Для получения инструкции введите: "python ac.py -h".