Гомология и выравнивание
1 Описание семейства доменов из Pfam для анализа
| AC pfam | PF00098 |
| ID pfam | Zinc knuckle |
| #SEED | 79 |
| #All | 155k |
| #SW | 387 |
| #architectures | 4972 |
| #3D | 78 |
| Taxonomy | |
| #eukaryota | 104635 |
| #archaea | 0 |
| #bacteria | 0 |
Табл. 1. Информация о семействе
Цинковый палец - небольшой структурный мотив белка, стабилизированный одним или двумя ионами цинка, связанными координационными связями с аминокислотными остатками в составе белка. Цинковые пальцы являются белковыми модулями, взаимодействующими с ДНК, РНК, другими белками или небольшими молекулами. Распространен среди вирусов (в основном, содержится у ВИЧ-1) и эукариот (содержится у грибов, оомицетов, позвоночных и беспозвоночных животных, растений и других таксонов).
2 Анализ выравнивания seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества
| Выравнивание seed | Файл с выравниванием |
| Максимальные достоверные блоки, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 6-7, 10-11 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 3, 6, 11, 16 |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) Если есть другие максимальные блоки с тем же подмножеством последовательностей, то опишите их. | 10-17 Подмножество из 6 последовательностей |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 3, 4, 6, 7, 10, 11, 12, 15, 16 |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 1-2 |
Табл. 2. Характеристики выравнивания seed
3 Карта локального сходства двух белков
При построении выравнивания я выбрала E-value=0.05.
| Доменная архитектура 1 | PF00540 - PF00607 - PF19317 - PF00098 - PF00098 - PF08705 |
| Uniprot ID белка с архитектурой 1 | GAG_SIVCZ |
| Доменная архитектура 2 | PF00540 - PF19317 - PF00098 - PF00098 - PF08705 |
| Uniprot ID белка с архитектурой 2 | Q72623_9HIV1 |
Табл. 3. Сравнение белков с разной доменной архитектурой
Рис. 1. Карта локального сходства белков GAG_SIVCZ и Q72623_9HIV1
Каждый из 5-и разрывов на карте соответствует инделю в выравнивании. Так как разрывов мало, можно сделать вывод, что два белка схожи между собой.