Моя бактерия – Vescimonas coprocola. В расширенном поиске я ввела ее название в разделе taxonomy_id, не задавая других параметров, и из 2426 найденных белков выбрала тот, который был вторым в списке. Его Uniprot AC - A0A810PYL2_9FIRM, аннотация 4/5.
Рис. 1. Выбор белка
Уридин-дифосфат-N-ацетилмурамил-L-аланил-D-глутамат-2,6-диаминопимелат-лигаза – белок, содержащийся в цитоплазме бактерии Vescimonas coprocola и обеспечивающий синтез ее клеточной стенки. Он катализирует реакцию присоединения диаминопимелиновой кислоты к нуклеотидным предшественникам уридин-дифосфата-N-ацетилмурамил-L-аланил-D-глутамата при биосинтезе пептидогликана бактериальной клеточной стенки [1].
Я использовала расширенный поиск на сайте Uniprot, чтобы получить дополнительную информацию об изучаемых мною белке и бактерии.
Кодирует ли ген, кодирующий белок A0A810PYL2_9FIRM, (murE) другие белки Vescimonas coprocola?
(gene:mutE) AND (taxonomy_id:2714355)
Рис. 2. Поисковой запрос №1
Встречается ли белок с мнемоникой функции A0A810PYL2 у других организмов?
NOT (taxonomy_id:2714355) AND (id:A0A810PYL2_*)
Рис. 3. Поисковой запрос №2
Есть ли другие лигазы у бактерии Vescimonas coprocola?
(ec:6.-.-.-) AND (taxonomy_id:2714355)
Рис. 4. Поисковой запрос №3