Практикум №7
Выбор качественной сборки генома эукариотического организма
Выбранный мною эукариот - Земляной шмель (лат. Bombus terrestris, англ. Buff-tailed bumblebee) – один из самых распространенных видов шмелей на территории Европы, культивируется большинством биолабораторий мира. Вид отличается крупным размером и длинным хоботком, они — идеальные опылители сельскохозяйственных культур.
Земляной шмель - это эусоциальное насекомое с чередующимися поколениями, разделением труда и совместной заботой о выводке. Королева моногамна, что означает, что она спаривается только с одним самцом. Рабочие особи B. Terrestris изучают окраску цветов и эффективно добывают корм.
Рис. 1. Поисковой запрос
По моему запросу было найдено 2 сборки, из них я выбрала первую, так как она референсная. Качество сборки – хромосомная - имеется последовательность для одной или нескольких хромосом. Это может быть хромосома с полностью секвенированной последовательностью без гэпов или хромосома, содержащая скэффолды или контиги с гэпами между ними. Также могут быть локализованные или нелокализованные скэффолды.