Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1

С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК. Полученные структуры: A-форма, B-форма, Z-форма.

Задание 2

Я выбрала B-форму ДНК и азотистое основание тимин. В сторону большой бороздки обращены атомы C4, C5, C6, C7, O4, а в сторону малой - атомы C2, N1, N3, O2.

Рис. 1. Тимин. Красным выделены атомы, обращенные в большую бороздку, синим - в малую

A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали Правая Правая Левая
Шаг спирали, Å 28.0 33.8 42.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки, Å 8.0 (A:C4-B:T31) 17.2 (A:T15-B:T23) 7.2 (A:G9-B:G15)
Ширина малой бороздки, Å 16.8 (A:G13-B:A30) 11.7 (A:A18-B:T27) 18.3 (A:C4-B:C14)

Табл. 1. Свойства разных форм ДНК

Задание 3

Я анализировала структуру тРНК 1ehz.pdb с помощью программы analyze пакета 3DNA.

Номера нуклеотидов, образующих стебли: 1-7 и 72-66, 49-53 и 65-61, 38-44 и 32-26, 10-13 и 25-22.

Неканонические пары:

Дополнительная водородная связь: 19-56.