Я выбрала B-форму ДНК и азотистое основание тимин. В сторону большой бороздки обращены атомы C4, C5, C6, C7, O4, а в сторону малой - атомы C2, N1, N3, O2.
Рис. 1. Тимин. Красным выделены атомы, обращенные в большую бороздку, синим - в малую
A-форма | B-форма | Z-форма | |
Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
Шаг спирали, Å | 28.0 | 33.8 | 42.5 |
Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
Ширина большой бороздки, Å | 8.0 (A:C4-B:T31) | 17.2 (A:T15-B:T23) | 7.2 (A:G9-B:G15) |
Ширина малой бороздки, Å | 16.8 (A:G13-B:A30) | 11.7 (A:A18-B:T27) | 18.3 (A:C4-B:C14) |
Табл. 1. Свойства разных форм ДНК
Я анализировала структуру тРНК 1ehz.pdb с помощью программы analyze пакета 3DNA.
Номера нуклеотидов, образующих стебли: 1-7 и 72-66, 49-53 и 65-61, 38-44 и 32-26, 10-13 и 25-22.
Неканонические пары:
16u-**+-U59
Дополнительная водородная связь: 19-56.