Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1

Я нашла инвертированные участки в последовательности тРНК 1F7V с помощью команды einverted и получила вторичную структуру тРНК по алгоритму Зукера с помощью ViennaRNA. Эти результаты и результат, полученный с помощью команды find_pair, я сравнила, составив таблицу.

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	901-907 : 972-966	-	901-905 : 972-968
D-стебель	910-913 : 925-922	-	906-912 : 923-917
T-стебель	949-953 : 965-961	949-953 : 965-961
Антикодоновый стебель	939-944 : 931-926	927-931 : 943-939	925-928 : 967-964 930-932 : 962-961, 959 936-940 : 956-952
Общее число канонических пар нуклеотидов	18	10	24

Задание 2

Скрипт для JMol

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	0	12	12
остатками фосфорной кислоты	9	11	20
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	4	19	25
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

Больше всего контактов обнаруживается с атомами остатков азотистых оснований со стороны большой бороздки, немного меньше - с атомами остатков фосфорной кислоты. Интересно, что полностью отсутствуют контакты с атомами остатков азотистых оснований со стороны малой бороздки.

На изображениях, полученных с помощью nucplot, представлены контакты со всеми цепями белка. На цепи H имеется два остатка с наибольшим количеством контактов – Glu399 и Thr397. Их по 3. Однако они оба не взаимодеюствуют напрямую с ДНК, а координируют молекулы воды.

С азотистыми основаниями на цепи H напрямую взаимодеюствуют только два остатка – Gln414 и Arg409. Длина связи у них одинаковая, так что можно предположить, что они оба могут быть важны для определения последовательности ДНК.