Практикум 4

Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

Я выбрала 7 бактерий: PARDP, PASMU, POLAQ, PROMH, PSEAE, PSEMY, RHIME и ROSDO. С помощью BLAST нашла в этих организмах достоверные гомологи белка CLPX_ECOLI. Выдача BLAST (20 находок):

                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value
sp|B4EU54|CLPX_PROMH ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun...  769     0.0
sp|A4XTZ6|CLPX_PSEMY ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun...  658     0.0
sp|Q9I2U0|CLPX_PSEAE ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun...  654     0.0
sp|A4SXD7|CLPX_POLAQ ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun...  613     0.0
sp|P57981|CLPX_PASMU ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun...  612     0.0
sp|Q92QQ2|CLPX_RHIME ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun...  596     0.0
sp|Q165G0|CLPX_ROSDO ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun...  582     0.0
sp|A1B1H7|CLPX_PARDP ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun...  580     0.0
sp|A1B5T0|HSLU_PARDP ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O...  103     4e-24
sp|B4F171|HSLU_PROMH ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O...  96.7    1e-21
sp|Q9HUC5|HSLU_PSEAE ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O...  95.9    2e-21
sp|Q16CY2|HSLU_ROSDO ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O...  93.6    1e-20
sp|A4XPN6|HSLU_PSEMY ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O...  93.2    1e-20
sp|P57968|HSLU_PASMU ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O...  93.2    1e-20
sp|Q92TA7|HSLU_RHIME ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O...  92.8    1e-20
tr|A1B8N4|A1B8N4_PARDP ATP-dependent Clp protease, ATP-binding su...  50.1    2e-06
tr|B4F2B3|B4F2B3_PROMH ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS...  46.6    2e-05
sp|Q168A2|RUVB_ROSDO Holliday junction branch migration complex s...  45.4    3e-05
tr|Q92M98|Q92M98_RHIME ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS...  45.4    4e-05
tr|A1AZV8|A1AZV8_PARDP ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS...  44.3    9e-05

Реконструкция и визуализация

Последовательности находок я поместила в fasta-файл и отредактировала их названия, оставив только ID. (Последовательности CLPX_PSEMY, HSLU_PSEMY, A1B8N4_PARDP, B4F2B3_PROMH, Q92M98_RHIME, A1AZV8_PARDP найдены не были). Далее провела выравнивание с помощью muscle и реконструировала дерево программой iqtree

Формула дерева в формате Newick

Рис. 1. Изображение дерева с выделенными ортологическими группами.

Примеры пар паралогов: CLPX_PSEAE и HSLU_PSEAE, CLPX_ROSDO и HSLU_ROSDO, CLPX_RHIME и HSLU_RHIME.

Примеры пар ортологов: CLPX_POLAQ и CLPX_PASMU, CLPX_RHIME и CLPX_PASMU, HSLU_PROMH и HSLU_ROSDO.

Рис. 2. Изображение дерева со свернутой ортологической группой.

    Описание каждой ортологической группы

  1. CLPX

    Не удалось полностью свернуть, так как представители группы не находятся на одной общей ветке. Реконструировано правильно.

  2. HSLU

    Нет бактерии POLAQ, остальное правильно.