Практикум 6
Ссылка на мой список из 10 ID генов человека
- Я посмотрела на UniProt информацию о белках, кодируемых генами из списка, и выяснила, что, в основном они отвечают за:
- синтез, фосфорилирование креатина
- натрий- и хлорид- зависимый перенос креатина, бетаина и гамма-аминомасляной кислоты
- натрий-зависимый перенос пролина
1 Анализ списка генов с помощью GO
База знаний Gene Ontology (GO) является крупнейшим в мире источником информации о функциях генов. Эти знания доступны как для чтения человеком, так и для чтения машиной и являются основой для компьютерного анализа крупномасштабных молекулярно-биологических и генетических экспериментов в биомедицинских исследованиях.
Я провела анализ обогащения теорминами с помощью GO (точнее, Panther). Использовала точный тест Фишера и поправку Бонферрони на множественную проверку гипотез.
Рис. 1. Результат анализа обогащения терминами GO
- Судя по находкам с лучшим p-value, белки генов из набора участвуют в следующих процессах:
- биосинтез креатина
- биосинтез фосфокреатина
- обратный захват гамма-аминомасляной кислоты
- трансмембранный перенос ионов натрия
Результаты совпали с описаниями, которые я нашла на UniProt
2 Анализ гена CKMT2 с помощью Human Protein Atlas
Атлас белков человека (Human Protein Atlas) - это шведская программа, начатая в 2003 году с целью составления карты всех белков человека в клетках, тканях и органах с использованием различных омических технологий, включая визуализацию на основе антител, масс-спектрометрическую протеомику, транскриптомику и системную биологию. Все данные, содержащиеся в информационном ресурсе, находятся в открытом доступе, что позволяет ученым как в академических кругах, так и в промышленности свободно получать доступ к данным для изучения протеома человека.
Атлас белков человека состоит из восьми отдельных ресурсов, каждый из которых посвящен определенному аспекту полногеномного анализа белков человека.
Enzymes FDA approved drug targets Metabolic proteins Plasma proteins Табл. 1. Общая информация про ген CKMT2 и белках, кодируемых этим геном, выданная HPA
Protein
Creatine kinase, mitochondrial 2
Gene name
CKMT2 (SMTCK)
Protein class
Protein evidence
Evidence at protein level (all genes)
Number of transcripts
5
Protein interactions
Interacting with 1 protein
В основном, ген экспрессируется в сердце, почках, скелетных мышцах.
Рис. 2. Локализация экспрессии гена CKMT2
Рис. 3. Локализация экспрессии гена CKMT2 - гистограмма
Продукты гена, в основном, локализованы в проксимальном отделе пищеварительного тракта, почках и мочевом пузыре, мышечных тканях.
Рис. 4. Локализация транскриптов гена CKMT2
Вывод: в основном процессы, связанные с метаболизмом креатина протекают в сердце, скелетных мышцах и почках.