Сигналы

Выбор сигнала

Я выбрала для исследования Rho-зависимый терминатор.

Название сигнала	Rho-зависимый терминатор
Носитель сигнала	Молекула мРНК
Кому адресован	РНК-полимераза
Предназначение — как должен реагировать адресат	Прекратить транскрипцию и диссоциировать от ДНК-матрицы и синтезированной РНК
Сила сигнала	Сила сигнала Rho-зависимого терминатора зависит от: связывания Rho с rut-сайтом (чем прочнее – тем сильнее терминация); скорости РНК-полимеразы – если она медленно движется или паузирует, Rho успевает догнать и остановить её; конкуренции с рибосомами – если рибосома уже села на РНК до rut-сайта, Rho не сработает (антитерминация). В идеальных условиях эффективность ~70–90%
Примеры сигнала	Rho-зависимая терминация транскрипции в триптофановом опероне Escherichia coli; терминатор в гене rpoB

Список источников:
• Roberts, J. W. (2019). Mechanisms of Bacterial Transcription Termination. Journal of Molecular Biology, *431*(20), 4030–4039.
• Peters, J. M., et al. (2011). Rho and NusG suppress pervasive antisense transcription in Escherichia coli. Genes & Development, *25*(1), 69–81.
• Cardinale, C. J., et al. (2008). Termination factor Rho and its cofactors NusA and NusG silence foreign DNA in E. coli. Science, *320*(5878), 935–938.
• Richardson, J. P. (2002). Rho-dependent termination and ATPases in transcript termination. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – Gene Structure and Expression, *1577*(2), 251–260.
• Datta, P. P., et al. (2012). Rho-dependent Transcription Termination in the Regulatory Region of the Escherichia coli rpoB Gene. Journal of Bacteriology, *194*(6), 1197–1204.

Сервис для поиска сигнала

Я нашла несколько сервисов для поиска Rho-зависимого терминатора, из них я решила проверить работу сервиса RhoTermPredict. Он ищет rut-сайты (Rho utilization sites) и учитывает вторичную структуру РНК и полипуриновые тракты. Этот сервис хорошо работает для бактериальных геномов.

Я применила RhoTermPredict для поиска rut-сайта в последоветельности гена альфа-субъединицы АТФ-синтазы Escherichia coli.Код на Python.

Файл с последовательностью гена

Файл с выдачей RhoTermPredict