Факторы транскрипции
Подготовка данных
Моя бактерия - Vescimonas coprocola. В ходе практикума я пыталась найти последовательность Шайна-Дальгарно (SD) в ее геноме. С помощью скрипта моего однокурсника Масленникова Вячеслава было создано 3 набора последовательностей:
- Группа положительного контроля - для каждого CDS из генома было вырезано 25 нуклеотидов перед старт-кодоном. Fasta-файл с последовательностями.
- Группа отрицательного контроля - для каждого CDS из генома было вырезано 25 нуклеотидов после старт-кодона. Fasta-файл с последовательностями.
- Группа для обучения - здесь были отобраны из группы положительного контроля гены тех белков, которые наиболее консервативны в природе в целом (гены, связанные с транскрипционными, трансляционными факторами, гены рибосомальных белков), здесь ожидается найти SD или что-то очень на нее похожее (выявить паттерн и консенсус для данной археи). Fasta-файл с последовательностями.
Поиск с помощью MEME
Я нашла мотив длиной 6-10 нуклеотидов, что соответствует длине SD c помощью команды:
meme TRAIN.fasta -dna -nmotifs 1 -minw 6 -maxw 10
Рис. 1. Logo, E-value = 7.9e-105
Поиск с помощью FIMO
Используя FIMO, я провела поиск найденного для группы обучения с помощью MEME мотива для двух групп контроля. Я ввела команды:
fimo --oc fimo_pos -thresh 0.001 meme_out/meme.txt POSITIVE.fasta
fimo --oc fimo_neg -thresh 0.001 meme_out/meme.txt NEGATIVE.fasta
Я могу сделать вывод, что последовательность Шайна-Дальгарно (или ее аналог) бактерии Vescimonas Coprocola - AAGGAGGGGA.