Филогенетическое дерево

1 Отобранные животные

Вид Таксономия Мнемоника
Homo sapiens Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Simiiformes; Catarrhini; Hominoidea; Hominidae; Homininae; Homo CYB_HUMAN
Rattus norvegicus Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Muridae; Murinae; Rattus CYB_RAT
Bos taurus Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia; Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos CYB_BOVIN
Mus musculus Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Muridae; Murinae; Mus; Mus CYB_MOUSE
Sus scrofa Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Suina; Suidae; Sus CYB_PIG
Glossophaga soricina Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Chiroptera; Yangochiroptera; Phyllostomidae; Glossophaginae; Glossophaga CYB_GLOSR
Clethrionomys gapperi Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Cricetidae; Arvicolinae; Clethrionomys CYB_MYOGP
Microcebus murinus Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Primates; Strepsirrhini; Lemuriformes; Cheirogaleidae; Microcebus CYB_MICMU
Ctenomys goodfellowi Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Hystricomorpha; Ctenomyidae; Ctenomys CYB_CTEGO
Eliurus grandidieri Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Nesomyidae; Nesomyinae; Eliurus CYB_ELIGR

Табл. 1. Отобранные животные, их таксономия и мнемоника

Скобочная формула дерева

((GLOSR,(BOVIN,PIG)),((HUMAN,MICMU),(CTEGO,(MYOGP,ELIGR,(RAT,MOUSE)))))

Изображение дерева

Рис. 1. Изображение филогенетического дерева, полученное по таксономиям NCBI

Рис. 2. Изображение филогенетического дерева, построенного fastme по модели p-distance

Рис. 3. Изображение филогенетического дерева, построенного программой fastme по модели MtREV

Рис. 4. Изображение филогенетического дерева, построенного программой iqtree

Обсуждение

    Ошибки (сравнениваю с изображением, полученным по таксономиям NCBI)
  1. При построении fastme по модели p-distance:
    • ветка CTEGO отходит раньше, чем ветка MICMU и HUMAN
    • есть отдельная ветка с ELIGR и MYOGP
  2. При построении fastme по модели p-distance:
    • на верхней ветке только BOVIN и PIG, нет GLOSR (он на другой ветке)
    • есть отдельная ветка с ELIGR и MYOGP
  3. При построении программой iqtree:
    • есть отдельная ветка с ELIGR и MYOGP