Трансмембранные белки

Сравнение предсказаний трансмембранных участков в бета-листовом белке

Я выбрала белок Major outer membrane protein TtoA (рус. основной белок внешней мембраны TtoA). PDB - 3dzm, Uniprot - Q72JD8_THET2. Он был выделен из грамотрицательной бактерии Thermus thermophilus, локализован во внешней мембране.

Рис. 1. Структура белка 3dzm из базы данных OPM

Белок состоит из 1 субъединицы. Координаты трансмембранных участков белка: 1(4-12),2(16-25),3(33-42),4(74-83),5(93-104),6(128-139),7(144-155),8(195-206)

Я нашла последовательность белка на сайте UniProt и запустила для нее DeepTMHMM.

Рис. 2. Графическое изображение результатов DeepTMHMM. На верхнем графике изображена наиболее вероятная топология белка. На нижнем графике показаны вероятности топологий. Здесь можно увидеть вероятности формирования фрагментом белка бета-листа, нахождения его в периплазме или снаружи клетки или его участия в передаче сигнала

Файл с результатами в текстовом виде

Количество бета-листов, предсказанное DeepTMHMM, совпадает с количеством, указанным на сайте OPM. Однако координаты не совпадают.

Сравнение предсказаний трансмембранных участков в альфа-спиральном белке

Мне был выдан белок Proton-gated ion channel, conformation 2 (рус. протон-управляемый ионный канал, конформация 2). PDB - 4lmj, Uniprot - GLIC_GLOVI. Он был выделен из цианобактерии Gloeobacter violaceus, локализован во внутренней мембране.

Рис. 3. Структура белка 4lmj из базы данных OPM

Белок состоит из 5 субъединиц. Координаты трансмембранных участков белка (на каждой субъединице): 1( 194- 216), 2( 221- 242), 3( 253- 274), 4( 293- 314).

Я нашла последовательность белка на сайте UniProt и запустила для нее DeepTMHMM.

Рис. 4. Графическое изображение результатов DeepTMHMM

Файл с результатами в текстовом виде

Количество альфа-спиралей, предсказанное DeepTMHMM, совпадает с количеством, указанным на сайте OPM. Однако координаты не совпадают.