Практикум №11
Информация о домене в Pfam
Для описания был выбран Reeler domain, один из доменов белка RELN_HUMAN.
| Название | Reeler domain |
| ID | Reeler |
| AC | PF02014.19 |
| Функция | Еще не известна |
| Число последовательностей (full) | 3236 |
| Число последовательностей в выравнивании seed | 129 |
| Число доменных архитектур с этим доменом | 351 |
| Выбранная доменная архитектура 1 | Reeler domain, 3405 proteins |
| Выбранная доменная архитектура 2 | Reeler domain, DOMON domain? 935 proteins |
| Число 3D структур доменов из разных последовательностей | 2 |
| Число белков с доменом по таксонам самого высокого ранга | Eukaryota: 7794 последовательности, 1149 видов; Metazoa: 7632 последовательности, 1082 вида; Bacteria: 416 последовательностей, 153 вида; Fungi: 101 последовательность, 34 вида; Archea: 78 последовательностей, 15 видов; |
| Дата последнего изменения профиля HMM / Число позиций профиля | Wed Oct 20 00:01:57 2021/ 129 |
Карта локального сходства
Для постороения карты я выбрала белок A0A0G2JFP4_MOUSE и A0A023EHE8_AEDAL. Выполнила парное локальное выравнивание при E-value=0.05:
Вертикально отложены позиции аминокислотных остатков в A0A023EHE8_AEDAL, а горизонтально - в A0A0G2JFP4_MOUSE. На карте можно заметить, что произошло несколько делеций или вставок, самая крупная - 3 аминокислотных остатка (между 86-89 аминокислотными остатками) .
Я решила увеличить E-value в сто раз, теперь E-value=5:
p>
Изменений на карте почти не наблюдается, поэтому я еще раз увеличила E-value в сто раз, теперь E-value=500:
p>
Теперь можно наблюдать участки малого сходства (180-190, 255-260, 285-307, 340-345, 360-365, 535-540 аминокислотных остатков).
Выделение подгрупп из Reeler domain
Для того, чтобы выделить подгруппы я выбрала seed выравнивание. Разделение создано с помощью построения Tree. В проекте Jalview обозначены бирюзовым и розовым.
Различия представлены в таблице:
| Позиция | Группа 1 | Группа 2 |
| 4 | изолейцин | почти везде гепы |
| 17 | гепы | гепов почти не встречается |
| 74 | аргинин | аспарагин, треонин |
| 95 | гепы | гепов нет |
| 99 | аланин | фенилаланин |
| 109 | аргинин | отсутствие аргинина |
| 198 | глутаминовая кислота | серин, аспарагин, глутамин |
| 259 | лизин | аспарагин, аспарагиновая кислота |
Таблица со всеми белками из Uniprot