Практикум №10

Поиск в нуклеотидных банках по аннотации. Выравнивание геномов

Первым заданием было подобрать пару геномов для построения карт локального сходства.

Я выбрала с помощью сервиса 'Browse by Organism' два близкородственных организма Streptococcus pyogenes и Streptococcus agalactiae, но для их сборок геномов карты локальных вывниваний выглядили слишком скудно (2 точки на всю карту).

Тогда я решила взять два штамма вируса имунодефицита человека, но для них карта локьного выравнивания не строилась (ни в MegaBlast, ни в BlastN).

В итоге я нашла на NCBI 2 близкородственные бактерии рода Magnetospirillum: Magnetospirillum magneticum и Magnetospirillum gryphiswaldense.

Их карты локальных выравниваний:

MegaBlast

Blastn

На карте локального выравнивания с помощью Blastn можно наблюдать намного больше шумов по сравнению с картой MegaBlasta.

КЛВ, полученную с помощью Megablast при стандартной длине слова сложно было отличить от КЛВ по Blastn, поэтому я увеличила длину слова до 48.

Смотря на полученные карты можно с уверенностью сказать, что геномы родственных бактерий не имеют больших совпадающих участков.