Практикум №3
Упражнение 1
Упражнение 2
В эксперементальной стуктуре А-формы ДНК был выбран один из гуанинов - девятый. Для его атомов была определена принадлежность к бороздкам:
В сторону малой бороздки обращены: G9.N2, G9.C2, G9.N3, G9.C4, G9.N9.
В сторону большой бороздки обращены: G9.C6, G9.O6, G9.C5, G9.N7, G9.C8.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.75 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 7.98 ([DA]6:A.P - [DG]37:B.P) | 17.21 ([DA]30:B.P - [DC]8:A.P) | 18.3 ([DC]28:B.P - [DC]10:A.P) |
| Ширина малой бороздки | 7.98 ([DG]29:B.P - [DA]6:A.P) | 11.34 ([DT]7:A.P - [DA]38:B.P) | 8.68 ([DG]11:A.P - [DG]35:B.P) |
Упражнение 3
Для работы была взята РНК с pdb-id 1n77.
Координаты стеблей
501-507(strand I)/572-566(strand II)
549-553(strand I)/565-561(strand II)
539-544(strand I)/531-526(strand II)
510-513(strand I)/525-522(strand II)
Неканонические пары
502_:[..G]G-*---U[..U]:.571
554_:[..U]U-**--A[..A]:.558
555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518
538_:[..A]A-**--C[..C]:.532
544_:[..A]A-**--G[..G]:.526
513_:[..U]U-*---G[..G]:.522
508_:[..U]U-**--A[..A]:.546
514_:[..A]A-**--A[..A]:.521
515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548
Дополнительные стабилизирующие водородные связи:
508_:[..U]U-**--A[..A]:.546
514_:[..A]A-**--A[..A]:.521
515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548
519_:[..G]G-----C[..C]:.556