Практикум №4

Упражнение 1

Параметры, заданные команде einverted: -gap 1000 -threshold 15 -match 5 -mismatch -50

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	7 пар 5'-501...507-3' 5'-566...572-3'	5 пар	7 пар
D-стебель	4 пары 5'-510...513-3' 5'-522...525-3'	0 пар	5 пар
T-стебель	5 пар 5'-549...553-3' 5'-561...565-3'	5 пар	5 пар
Антикодоновый стебель	7 пар 5'-538...544-3' 5'-526...532-3'	0 пар	5 пар
Общее число канонических пар нуклеотидов	23 пары	10 пар	22 пары

Вторичная структура тРНК, предсказанная по алгоритму Зукера

Упражнение 2

Для выполнения задания мне был дан белок 1a02 (цепи цепи F и J).

Были определены множества атомов кислорода 2'-дезоксирибозы, кислорода в остатке фосфорной кислоты, азота в азотистых основаниях:

script1

Последовательное изображение всей структуры:

script2

Подсчет числа контактов:

script3

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	4	10	14
остатками фосфорной кислоты	13	6	19
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	5	12	17
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	1	1

Схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью программы nucplot: nucplot.pdf

Аминокислотный остаток с наибольшим числом контактов - аспарагин 147 цепи F. Он взаимодействует с цитозином 4016, аденином 5005 и тимином 5006. Аспарагин 147 наиболее важен для распознавания последовательности ДНК, т.к. с помощью него белок узнает последовательность из 3 нуклеотидов ДНК. Также он взаимодействует с азотистым основанием, а не с остовом ДНК.

Изображение, иллюстрирующее контакты аспарагина 147 (N147) с ДНК.