Практикум №2

Задание номер 1

Дымчатый леопард (Neofelis nebulosa)

Отличительная облачкообразная окраска шерсти делает этих зверей необыкновенно красивыми и отличающимися от других родственников семейства. Эллиптические пятна более темного цвета, чем фон, а край каждого пятна частично обрамлен черным. Они располагаются на фоне однотонного поля, которое варьируется от светло-коричневого с желтизной до насыщенно-серого. Морда светлая, как фон, сплошные черные пятна отмечают лоб, щеки. Брюшная сторона, конечности отмечены крупными черными овалами. Две сплошных черных полоски простираются из-за ушей вдоль задней части шеи до лопаток, толстый хвост покрыт черными отметинами, сливающимися к концу. У молоди боковые пятна сплошные, не мутные. Они изменятся к тому времени, когда животному исполнится приблизительно шесть месяцев. Neofelis nebulosa Было найдено 4 сборки У мною выбранной сборки уровень Chromosome, что означает, что сборка сделана для одной или нескольких хромосом. Последовательность может быть как полностью отсеквенирована, так и частично. Моя сборка - референсная, это озночает, что она была вручную отобрана и аннотирована.

Задание номер 2

Идентификатор GenBank GCA_028018385.1
Идентификатор RefSeq GCF_028018385.1
Общий размер генома 2.468 млрд п.н.
Скэффолд N50 150.2 млн п.н.
Скэффолд L50 7
Контиг N50 51.6 млн п.н.
Контиг L50 16

N50 — это длина контига или скэффолда, для которого половина всех нуклеотидов сборки содержится в элментах такой же или большей длины.

L50 указывает на число контигов или скэффолдов, в которых содержится 50% всех нуклеотидов сборки.

Задание номер 3

Я последовательно скачала Нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA), последовательности белков (в формате FASTA), роследовательности генома с аннотацией (GBFF).