На главную страницу

Банк EMBL

  1. Сравнение разных записей в EMBL

    2. В документе SwissProt, описывающем мой белок были найдены все ссылки на банк EMBL.

    C помощью SRS получена информация, представленная в таблице ниже.

    Идентификатор записи EMBL Тип молекулы
    Класс данных
    Раздел EMBL
    		 Дата создания
    документа
    Описание
    Длина последовательности
    AP009048 genomic DNA STD PRO 22-JAN-2006 Escherichia coli W3110 DNA, complete genome 4646332
    L19346 unassigned DNA STD PRO 15-JUN-1993 Escherichia coli N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase(amiB) gene,complete cds, DNA repair protein (mutL) gene, partial cds, and two unidentified cds's. 3000
    M63655 genomic DNA STD PRO 29-MAR-1991 E.coli (delta)2-isopentenyl pyrophosphate transferase (miaA) gene, complete cds, and mutator protein (mutL) gene, 3' end. 1328
    U00096 genomic DNA STD PRO 23-FEB-2006 Escherichia coli K12 MG1655, complete genome.  4639675
    U14003 genomic DNA STD PRO 30-NOV-1994 Escherichia coli K-12 chromosomal region from 92.8 to 00.1 minutes. 338534
    Z11831 genomic DNA STD PRO 15-MAR-1992 E.coli mutL and miaA genes for MutL protein and delta2-isopentenylpyrophosphate tRNA transferase (partial 2300

    Итак, для белка MUTL_ECOLI в базе содержится 6 записей. 1ая и 4ая запись содержат полные геномы(complete genome), что, впрочем, видно из длин последовательностей. Все найденные последовательности относятся к прокариотическим организмам.

  2. Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

    3. На основании результатов упр.1 выбрано 2 записи для дальнейшего изучения (фрагмент и полный геном). На основании записей получена таблица данных:

    Последовательности, кодирующие белок MUTL_ECOLI в двух записях банка EMBL

      I II
    ID записи AP009048 Z11831
    Начало гена в записи 4402092 267
    Конец гена в записи 4403939 2114
    Направление гена прямое прямое
    Примечания*    

    В графе "Направление гена" значение "прямое" или "обратное" зависит от того, содержит ли запись EMBL последовательность той цепи ДНК, на которой расположен ген, или комплементарной ей.

    Идентичность последовательностей - 100%

  3. Знакомство с записью гена из эукариотического генома


© Repina Natalia