Выравнивание последовательностей — определение взаимного соответствия остатков в нескольких последовательностях, при котором сохраняется их исходный порядок в последовательностях. Исходя из сходства двух последовательностей, можно сделать вывод об их гомологичности.
С помощью программы JalView было построено множественное выравнивание шести последовательностей. Оно представлено на первом рисунке.
Для того, чтобы найти не гомологичный остальным белок, создали 6 новых выравниваний, в каждом их которых удалили одну из последовательностей. Число консервативных остатков больше всего увеличивается при удалении шестой последовательности(A0A0A8EXI6_9ACTN).
Выравнивание без этой последовательности представлено на втором рисунке.
Из данной работы мы можем сделать вывод, что белок A0A0A8EXI6_9ACTN не гомологичен белкам GCSH_CYAP8, F3YXR1_DESAF, G5KG81_9STRE, H2NRK9_PONAB и G3H9F6_CRIGR. Насколько можно судить из количества консервативных остатоков остальных белков, они являются гомологичными.
Также можно посмотреть 2 выравнивание в форматах FASTA, MSF и в JalView-проекте: Выравнивание в FASTA формате Выравнивание в MSF формате Выравнивание в формате JVP