 |
| |
  |
Систематика:
Домен: Эукариоты
Царство: Животные
Тип: Хордовые
Класс: Птицы
Отряд: Фламинго
Семейство: Фламинговые
Род: Pheonicopterus
Вид: Pheonicopterus ruber ruber На сайте NCBI по ссылке Browse by organism на странице базы данных Genome был выбран этот вид. Ниже в табл. 1 представлен небольшой отчет.
| Число сборок генома | 1 |
| Число проектов по секвенированию | 1 |
| Число образцов по секвенированию | 1 |
| |
|
| Описание образца (BioSample ID: SAMN02339890) | пол: мужской sample name: BGI_N337 |
| Описание проекта (BioProject ID: PRJNA212904) | Геном Phoenicopterus ruber ruber секвенировали в BGI с использованием метода WGS (дата регистрации: 2014/04/30).Номер доступа к проекту: JRE00000000; данная версия проекта имеет номер доступа: JRE01000000 и состоит из последовательностей JRE01000001-JJRE01137480. Геномные скэффолды представлены контигами KK403368:KK436797. |
| Контиги | общее число: 137 480 N50: 20 262 L50: 16 707 |
| Скэффолды | общее число: 76 189 N50: 38 071 L50: 8 592 (т.к. отдельной таблицы нет, данные взяты из общей таблицы; также можно использовать результаты поиска, но в нем вместо 76 189 скэффолдов найдено почему-то только 33 430 (это только те, которые собрались более чем из одного контига)). Ссылка на список АС для всех 76189 скэффолдов. |
По данной ссылке вы можете найти последовательность самого длинного контига con42.fasta
Задание 2. В этом задании было необходимо описать десять ключей, используемых
в таблицах особенностей (Feature Key или Feature table). Результаты задания приведены
в таблице 2.
| Название | Описание | Пример |
| STS | англ. sequence tagged site — короткая последовательность ДНК, которая может быть определена с помощью ПЦР; карта участка генома может быть построена с помощью определения порядка расположения STS. | STS 2050089..2050757 /standard_name="ha2600" /db_xref="UniSTS:515570" |
| rep_origin | англ. rep.origin — Квалификатор /standard_name встречается часто с различными ключами и используется для записи общепринятых стандартных названий. Квалификатор /experiment вкратце отражает суть эксперимента, подтверждающего наличие особенности. | rep_origin 3617..3892
/standard_name="ori1"
/experiment="experimental evidence, no additional
details recorded"
/citation=[2]
|
| precursor_RNA | англ. precursor RNA — предшественник РНК. Любая разновидность незрелой РНК; может включать нкРНК, рРНК, тРНК, 5'UTR, CDS, экзоны, интроны, 3'UTR. | precursor_RNA 133385..133502 /gene="mir-4915" /locus_tag="Dmel_CR43552" /gene_synonym="CR43552" /product="mir-4915 precursor RNA" /note="mir-4915-RM; Dmel\mir-4915-RM; CR43552-RM; Dmel\CR43552-RM" /db_xref="miRBase:MI0017697" |
| misc_RNA | Любые транскрипты, которые не подходят под определения других feature keys для РНК (prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5'UTR, 3'UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide, mat_peptide, intron, polyA_site, ncRNA, rRNA and tRNA) | misc_RNA join(539636..540073,540849..540956,541819..543839) /gene="LOC107971886" /product="uncharacterized LOC107971886, transcript variant X3" /note="Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 1 mRNA, 1 EST, and 75% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments" /transcript_id="XR_001714724.1" /db_xref="GeneID:107971886" |
| repeat_region | Участки генома, содержащие повторы. |
repeat_region 22894..23276
/locus_tag="KLLA0C00308t"
/old_locus_tag="Klla0C.LTR.2"
/rpt_type=long_terminal_repeat
|
| mobile_element | Участки генома, содержащие подвижные элементы. |
mobile_element 841364..850816
/note="uniprot|Q9C0U1 Yarrowia lipolytica Ylt1 LTR-
retrotransposon"
/mobile_element_type="retrotransposon"
|
| old_sequence | Приведенная последовательность корректирует предыдущую версию последовательности. |
old_sequence 4086
/citation=[3]
/replace="c"
|
| D-loop | англ. displacement loop — петля смещения. Область в митохондриальной ДНК, в которой короткая РНК взаимодействует с одной из цепей ДНК, замещая комплементарную цепь ДНК в этой области. Также D-loop описывает замещение участка одной цепи дуплекса ДНК каким-либо другим одноцепочечным фрагментом в реакции, катализируемой белком RecA. |
D-loop 15715..16825
/note="control region"
|
| misc_binding | Сайт в нуклеиновой кислоте, который ковалентно или нековалентно взаимодействует с другим участком; не может быть описан другими feature key (primer_bind or protein_bind). |
misc_binding 111478..111597
/inference="COORDINATES: nucleotide
motif:Rfam:12.0:RF00059"
/inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
/note="TPP riboswitch; Derived by automated computational
analysis using gene prediction method: cmsearch."
/bound_moiety="thiamine pyrophosphate"
/db_xref="RFAM:RF00059"
|
| J_segment | Сегмент тяжелой и легкой цепи иммуноглобулина и альфа-, бета- и гамма-цепей Т-клеточного рецептора. |
J_segment 328..393
/gene="TCR1A" |
Задание 3. В этом задании было необходимо рассказать о каком-нибудь массовом геномном проекте.
-
Я выбрала проект из презентации. Проект по секвенированию геномов риса.
Описание проекта будет предоставлено на английском языке, чтобы избежать неточностей перевода.
 |
Rice, Oryza sativa L., is the staple food for half the world’s population. By 2030, rice production must
increase by at least 25% to keep pace with population growth. Accelerated genetic gains in rice improvement
are needed to mitigate the effects of climate change and loss of arable land and to ensure global food supply.
Here, we include data from an international effort resequencing a core collection of 3,000 rice accessions
from 89 countries as a global public good. The 3,000 sequenced rice genomes had an average sequencing depth of 14X,
average genome coverage and mapping rates of 94.0% and 92.5%, respectively.
This data provides a foundation for large-scale discovery of novel alleles for important rice phenotypes using
various bioinformatics and/or genetic approaches. It also serves to understand at a higher level of detail the
genomic diversity within O. sativa. With the release of the sequencing data, the project calls for the global
rice community to take advantage of this data as a foundation for establishing a global, public rice genetic/genomic
database and information platform for advancing rice breeding technology for future rice improvement.
The 3000 rice genomes sequence data are now completely uploaded into the INSDC databases (the Sequence Read Archives
(SRA) at EBI, DDBJ and NCBI), and available for easy download from the links noted below, rather than from GigaDB.
NB - the mapping of each file as previously stored in GigaDB to the relevant location on the EBI FTP server can be
found in the file seq_file_mapping_to_SRA.txt.
Ссылка на официальный сайт проекта тут.
Ссылка на проект на сайте NCBI.
Задание 4.
В этом задании было необходимо составить таблицу митохондриальных генов одного из организмов указанного таксона. Мне достался таксон Cryptophyta. Для начала нужно было найти полные митохондриальные геномы представителей таксона.Для таксона Cryptophyta были составлены запросы в NCBI, по которым находятся все полные митохондриальные геномы (3 штуки) в GenBank и RefSeq соответственно:
- (Cryptophyta[ORGANISM] AND mitochondrion[TITLE] AND ("complete genome"[TITLE] OR "complete sequence"[TITLE])) AND srcdb_genbank[PROP]
| 1 находка | - (Cryptophyta[ORGANISM] AND mitochondrion[TITLE] AND ("complete genome"[TITLE] OR "complete sequence"[TITLE])) AND srcdb_refseq[PROP]
| 2 находки |
 |
| |
Систематика:
Домен: Eukaryota
Царство: Chromalveolata
Тип: Cryptophyta
Порядок: Cryptomonodales
Семейство: Hemiselmidaceae
Род: Hemiselmis
Вид: H. andersenii
Из записи с выбранной последовательностью генома можно перейти на страницу генов по ссылке gene в разделе Related information. Далее список всех генов был скачан (send to > File) с сортировкой по порядку в геноме (Sort by chromosom).
Результат можно скачать: table.txt.