Электронная плотность


< Term 4

Выбор белка

Для выполнения этого практикума был выбран домен MIF4G белка DAP5 (PDB ID 4IUL). Разрешение структуры - 2.30 Å

Рис. 1. Структура 4IUL

Изображение электронной плотности вокруг остова полипептидной цепи

При σ=2.0 большая часть остова вписывается в ЭП, однако далеко не вся. При σ=1.0 получаем большее покрытие. Однако какая-то часть остова остается не покрытой, что может говорить о не большом разрешении структуры.

Рис. 2. Электронная плотность структуры 4IUL при σ=2.0
Рис. 3. Электронная плотность структуры 4IUL при σ=1.0

Электронная плотность вокруг различных аминокислотных остатков.

Для выполнения этого задания требовалось выбрать три аминокислотных остатка и показать электронную плотность вокруг них. Я выбрала 287 - фенилаланин, 307 - гистидин, 309 - триптофан.ЭП строилась при σ=2.0.

Рис. 4. Phe
Рис. 5. His
Рис. 6. Trp