Кристалл


< Term 7

Восстановление кристалла

Для выполнения этого практикума я взяла ту же структуру что и в первом практикуме : 4IUL 

Длины векторов: a = 167.7Å; b = 56.7Å; c = 74.37Å.
Углы между векторами: α = 90.00°; β = 112.05°; γ = 90.00°. 
Группа симметрии C121 
Число молекул в элементарной ячейке - 2

Рис. 1. Все образы на расстоянии до 60Å от начальной. Начальная структура на рисунке изображена сине-зеленым цветом.
Рис. 2. Все образы на расстоянии до 10Å от начальной. Начальная структура на рисунке изображена красным цветом.
Рис. 3. Ассиметрическая ячейка
Рис. 4. Ассиметрическая ячейка

Исследуемый белок является димером. В условиях кристаллизации он может образовать водородные связи с соседними молекулами. Критерием водородной связи будем считать расположение доноров/акцепторов связи разных структур ближе чем 3Å.

Рис. 5 Водородные связи между 4iul и соседом
Рис. 6 Водородные связи между 4iul и соседом
Рис. 7 Водородные связи между 4iul и соседом
Рис. 8 Водородные связи между 4iul и соседом

Выше показаны некоторые контакты с соседними молекулами. Помимо водородных связей были найдены солевые мостики. Из приведенных рисунков видно, что контактов между соседними молекулами не так уж много (хоть они и не все представлены на изображениях). К тому же, большинство из них возникают между остатками, экспонированными в растворитель. Скорее всего, они являются артефактом кристаллизации и не отражают природных взаимодействий белков при ди- или олигомеризации. Между молекулами белка могут существовать гидрофобные взаимодействия. Гидрофобные кластеры были идентифицированы в программе Clud. На рисунке 9 представлена их визуализация.

Рис. 9

Необычная структура

Для этого задания взяли структуру 1mnm (структура дрожжевого транскрипционного фактора). Разрешение 2.25Å. В ассиметрической ячейке содержится несколько цепей белка, связанных с цепочкой ДНК. При этом один β-стренд торчит в пустоту. Он обседен на рисунке 10. При восстановлении содержимого соседних ассиметрических ячеек становится понятно, что этот участок образует β-лист вместе с цепью из соседней ячейки (рисунок 9).

Рис. 10
Рис. 11 Содержимое соседней ассиметрической ячейки показано фиолетовым цветом. "Торчащий в пустоту" β-стренд образует β-лист вместе с участками из соседней ячейки.