Произвели поиск в PDB по структурам с разрешением меньше 1Å. Взяли структуру 5MNN с разрешением 0,859Å, кристаллографическая группа P 21 21 21.
Occupancy записывается в 9 колонке после кода "ATOM". Первый 1 атом дан для примера с заполнением = 1, следующие чередуют 0.38 и 0.62. Это значит, что в 38% структур атом занимает положение 1, а в остальных 62% - положение 2.
Нашли нерасшифрованные остатки в структуре 1FFX. Выше представлен полный список нерасшифрованных остатков структуры.
C PDB структурой белка связаны три последовательности: (1) последовательность природного белка из Uniprot; (2) последовательность белка, который кристаллизовали — он может отличаться наличием тэгов, или же быть частью природного белка, например, доменом; (3) та часть последовательности (2), которая соответствует "видимой" методом РСА (то есть одинаково расположенной во всех ячейках кристалла) части белка. Рассмотрим структуру 4R78. Uniprot последовательность белка содержит 289 аминокислот. Добавление тега увеличивает последовательность на 20 аминокислот. В-фактор характеризует размазанность электронной плотности относительно центра атома. Чем меньше значение В-фактора, тем меньше размазанность. Для структуры 5MNN найдем наибольший и наименьший B-фактор: Самый лучший В-фактор у O атома A-валина 53 = 4.45. Самый худший у OE2 глутамата 186 = 31.47.Самый высокий В-фактор (большая размазанность) у кислорода боковой цепи глутамата. Известно, что эти кислороды разделяют между собой электронную плотность, что и приводит к большому показателю В-фактора.
