В качестве исследуемого белка была выбрана структура 4UE9 , представляющая собой эукариотический фактор инициации трансляции eIF4E со связывающим белком 4E-T. Это небольшая структура с разрешением 2.15 Å, включающая 5 альфа-спиралей и 8 бета-тяжей. Ниже представлено изображение выбранного белка с раскраской по элементам вторичной структуры.
С помощью программы DSSP удалось получить эту же структуру , но с изменениями в визуализации. А именно : удлинились два бета-тяжа, удлинилась одна альфа-спираль и появились три новые 3(10)-спирали.
Таблица 1. Сравнение выдач PDB и DSSP
| Тип элемента | бета-тяж 1 | бета-тяж 2 | альфа-спираль 1 | 3(10)-спираль 1 | 3(10)-спираль 2 | 3(10)-спираль 3 |
| PDB | Tyr246-Thr247 | Asp123-Lys128 | Leu158-Ile170 | - | - | - |
| DSSP | Ile245-Thr247 | Gly121-Lys128 | Leu158-Gly171 | Ser177-Gln179 | Pro115-Glu117 | Gly22-Ser24 |
Таким образом, как в случае некоторых бета-тяжей, так и в случае альфа-спирали, программа DSSP увеличивает некоторые элементы вторичной структуры на один-два остатка. Были обнаружены 3 коротких 3(10)-спирали (их скорее можно отнести к редким элементам вторичной структуры). Совпадение предсказаний программы DSSP с данными PDB оказалось достаточно точным.