Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1

Были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК, состоящие из 5 повторений последовательности 'GATC' (Z-форма была составлена из 5 повторений 'GC'). Ниже представлены ссылки на файлы:
А-форма ДНК
B-форма ДНК
Z-форма ДНК

Задание 2

Была проанализирована В_форма ДНК и гуанин.

В сторону большой бороздки обращены атомы (красный цвет): N1, O6, C5, N7, C8
В сторону малой бороздки обращены атомы (синий цвет): N2, C2, N3, C4, N9

Ниже в таблице представлены основные характеристики

	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.75	33.82
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (Å)	16.81(31:B.P-12:A.P)	17.21(28:B.P-10:A.P)	14.73(6:A.P-16:B.P)
Ширина малой бороздки (Å)	7.98 (31:B.P-4:A.P)	11.69(17:A.P-28:B.P)	7.20(7:A.P-17:B.P)

Задание 3

Заданная структура РНК находится в pdb-файле 1n78.

Сравнение углов для определения формы заданной РНК

Значения торсионных углов тРНК представлены в этом файле. Углы α, β, γ практически одинаковые в А- и В-формах ДНК. Поэтому были рассмотрены остальные углы.

	A-форма	B-форма
δ-углы	ср. знач. 87.8°
ε-углы		ср. знач. 139.6°
ζ-углы		ср. знач. 81.1°
χ-углы	ср. знач. 159°

РНК занимает промежуточное значение между А- и В-формой ДНК, что вытекает из средних значений ее углов.

Нахождение стеблей тРНК

Информация о водородных связях в молекуле представлена в этом файле.

Координаты стеблей:

1. (1-7) strand I - (71-66) strand II
2. (48-52) strand I - (64-60) strand II
3. (10-13) strand I - (25-22) strand II
4. (38-44) strand I - (32-26) strand II

Неканонические пары:

Было найдено 18 неканонических пар (неканоническая G-C, A-G, U-G, A-C).

Стабилизирующие водородные связи:

Было найдено 7 стабилизирующих водородных связей в тРНК.

Нахождение возможных стекинг-взаимодействий

Было найдено несколько возможных стекинг-взаимодействий в структуре тРНК. Ниже приведены их изображения.