Работа с нуклеотидными базами данных
Сборка генома Hirundo rustica
Деревенская ласточка (Hirundo rustica) является одним из самых распространенных видов среди воробьинообразных. Деревенские ласточки встречаются в Европе, Азии, Африке и Америке, являются перелетными птицами. Всего насчитывают около шести подвидов. Деревенская ласточка часто упоминается в литературе и является символом свободы и прихода весны.
| Общее количество сборок генома | 4 |
|---|---|
| Выбранная сборка | bHirRus1.pri.v2 |
| AC (RefSeq) | GCF_015227805.1 |
| Assembly level | Хромосомный |
| Общая длина | 1105.95 Mb (1,105,955,550 bp) |
| Число контигов | 1719 |
| (N50, L50) контигов | 2,794,774 ; 100 |
| Число скэффолдов | 617 |
| (N50, L50) скэффолдов | 76,187,387; 5 |
| BioProject (ссылка на публикацию) | PRJNA636192 |
| Последовательность контига | JADDRP020000036.1 ссылка |
CDS представителя Myoviridae
Запрос: Myoviridae[orgn] and 30000:40000[slen] and COMPLETE GENOME
Количество находок: 2453
| AC записи | NC_009236 |
|---|---|
| Организм | Burkholderia phage phiE12-2 |
| Таксономия | Viruses; Duplodnaviria; Heunggongvirae; Uroviricota; Caudoviricetes; Caudovirales; Myoviridae; Peduovirinae; Tigrvirus. |
| Тип генома | Линейная двуцепочечная ДНК |
| TaxID | 2881401 |
| Хозяин | Burkholderia pseudomallei |
| Файл с CDS белков | ссылка |
Как был получен файл с CDS: Send to - Coding Sequences - Download features. FASTA Nucleotide.
Ключи локальных особенностей
misc_RNA любой транскрипт или продукт РНК, который не относится к другим ключам РНК (таким как: prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5'UTR, 3'UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide, mat_peptide, intron, polyA_site, ncRNA, rRNA and tRNA).
AC: NC_031940.1
ncRNA ген, не кодирующий белок, отличный от рибосомной и транспортной РНК, функциональной молекулой которого является РНК-транскрипт.
AC: NC_000002.12
sig_peptide последовательность, кодирующая сигнальный пептид; кодирующая последовательность для N-концевого домена секретируемого белка, этот домен участвует в присоединении зарождающегося полипептида к лидерной последовательности мембраны.
AC: NC_000002.12
mat_peptide кодирующая последовательность зрелого пептида или белка.
AC: NC_000002.12
transit_peptide последовательность, кодирующая транзитный пептид; участвует в посттрансляционном импорте белка в органеллу.
AC: NC_000002.12
