Нуклеотидный BLAST
Определение функции и таксономии нуклеотидной последовательности
Для выполнения поставленных задач был алгоритм blastn, преимуществом этого алгоритма является его чувствительность, что поможет получить находки в случае с неконсервативной исследуемой последовательностью. Также, был выбран наименьший размер слова (7.)
Выдача BLAST res1.txt
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Programme | blastn |
| Database | nr/nt |
| Max target sequences | 100 |
| Expext theshold | 0.05 |
| Wordsize | 7 |
| Match/Mismatch Scores | 0 |
| Max matches in a query range | 2,-3 |
| Gap Costs | Existense:5 Extension:2 |
Все найденные последовательности кодируют 18S рРНК, вероятно и исследуемая последовательность кодируют ее. Все находки принадлежат организмам семйства Diphyllobothriidae, вероятно и исследуемая последоваетльность принадлежит организму из этого семейства.
Поиск генов белков в неаннотированной нуклеотидной последовательности
Для поиска генов белков был выбран контиг из Wallemia mellicola. Так как по нуклеотдной последоваетльности нужно найти белок, была использована разновидность BLASTx. Чтобы сократить время работы алгоритма был оставлен максимальный размер слова, поиск производился по белкам из базы данных Swiss-Prot, не принадлежащих к роду Wallemia, чтобы избежать тривиальных находок.
Выдача BLAST доступна по ссылке res2.txt| Параметр | Значение |
|---|---|
| Database | UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot) |
| Organism | Wallemia(exclude) |
| Program | blastx |
| Max target sequences | 100 |
| Expext theshold | 0.05 |
| Wordsize | 6 |
| Max matches in a query range | 0 |
| Matrix | BLOSUM62 |
| Gap Costs | Existense:11 Extension:1 |
Было найдено множество генов субъединицы альфа протеосомы, вероятно, это же белок содержится и в исследуемом контиге.
Интепретация карты локального сходства гомологичных хромосом двух бактерий
Была выбрана большая хромосома Agrobacterium vitis (fasta) и Agrobacterium fabrum (fasta). На карте локального сходства видно, что участок генома Agrobacterium fabrum в районе 1,9 М представляет собой инверсию (возможно когда-то был инвертирован весь участок 1,3 — 2 М, но из-за многочисленных перестановок впоследствии это уже сложно заметить).
В области 2500-2580 К в геноме Agrobacterium vitis произошла довольно крупная инсерция.
В районе 50 К видна инверсия.