Практикум 10. Выравнивание геномов

Выбрала для выравнивания 2 штамма одного вида бактерии: Klebsiella pneumoniae strain SWU01 (AC:CP018454) и Klebsiella pneumoniae strain AR_0115 (AC:CP020071). Поиск выполняла в ENA.

Далее запустила 2 алгоритма: megablast и blastn, использовала параметры по умолчанию.

megablast hitmap
Рис. 1. Dotplot полученный алгоритмом megablast. По оси Х – геном K. pneumoniae strain AR_0115, по оси Y – геном K. pneumoniae strain SWU01.
megablast hitmap
Рис. 2. Dotplot полученный алгоритмом megablast с пометками мест геномных перестроек. По оси Х – геном K. pneumoniae strain AR_0115, по оси Y – геном K. pneumoniae strain SWU01.

При анализе выравниваний заметим, что взяты разные точки начала отсчета в хромосомах, так как мы видим "разрыв" на участке 2,800 К.

Участок 1 и 3: делеция в последовательности CP020071 или вставка в последовательности CP018454.

Участок 2: при наименьшем количестве событий это 2 инверсии; изначально инверсия участка 3,550 К - 4,450 К, далее произошла еще одна инверсия внутри этого участка (3,900 К - 4,150 К)

Участок 4: инверсия небольшого участка + делеция в последовательности CP020071 или вставка в последовательности CP018454

Участок 5: делеция в последовательности CP018454 или вставка в последовательности CP020071

megablast hitmap
Рис. 3. Dotplot полученный алгоритмом blastn. По оси Х – геном K. pneumoniae strain AR_0115, по оси Y – геном K. pneumoniae strain SWU01.

На DotPlot'е полученном алгоритмом blastn мы видим больше шума (совпадающие у двух бактерий короткие повторы).