Практикум 3

Задание 1

Построила модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA. Последовательность: 5 повторений "GATC"

A-форма

B-форма

Z-форма

Задание 2

Заданное азотистое основание: тимин

ex2

Рис. 1. Тимин; красный цветом выделены атомы, которые обращены в сторону большой борозки, голубым – в сторону малой

В сторону большой бороздки обращены атомы: с11.o2, c11.c2, c11.n1

В сторону малой бороздки обращены атомы: c11.o4, c11.c4, c11.c7, c11.c5

Таблица 1. Сравнение структур A-, B-, Z-форм ДНК.

A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали Правая Правая Левая
Шаг спирали (Å) 28.0 33.8 43.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки (Å) 17.0 17.2 18.3
Ширина малой бороздки (Å) 8.0 11.7 7.2

Задание 3

Исследовала тРНК – 1gts.

Номера нуклеотидов, образующих стебли:

2-7 и 71-66
49-53 и 65-61
37-44 и 33-26
10-12 и 25-23

Дополнительная водородная связь: 19-56

Неканонические пары оснований:

54_:[..U]U-**--A[..A]:..58
55_:[..U]U-**+-G[..G]:..18
38_:[..U]U-*---U[..U]:..32
44_:[..C]C-**--A[..A]:..26
13_:[..A]A-**+-A[..A]:..45
14_:[..A]A-**--U[..U]:...8
15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48