Практикум 4

Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Заданная тРНК: 1GTS.

Была предсказана вторичная структура тРНК с помощью программы einverted из пакета EMBOSS (Рис. 1) и с помощью алгоритма Зукера (Рис. 2).

Далее сравнила 3 варианта предсказанной структуры (полученной с помощью: find_pair, einverted, алгоритма Зукера) в Таблице 1.

Рис. 1. Выдача программы einverted

Рис. 2. Структура тРНК, предсказанная алгоритмом Зукера (в RNAfold WebServer)

Таблица 1. Сравнительная таблица предсказанной вторичной структуры тРНК

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Заданная структура ДНК-белок: 1PP8

Упр. 1

Скрипт – для выделения требуемых групп атомов и поочередного их проявления шариками в проволочной модели ДНК.

Упр. 2

Таблица 2. Контакты ДНК-белок в 1PP8

Посчитали полярными атомы O и N, а неполярными – атомы C, P и S. Полярный контакт – когда расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å. Неполярный контакт – когда пара неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å.

Упр. 3

Получила схему ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot: nucplot

Упр. 4

Больше всего контактов с ДНК имеет Lys79, но все они с сахарофосфатным оставом, поэтому не являются важными для распознавания последовательности. Контакты с азотистыми основаниями (важные для распознавания последовательности) имеют Lys25 и Asn81.

Рис. 1. Контакты Lys79 с ДНК

Рис. 2. Контакты Lys25 с ДНК

Рис. 3. Контакты Asn81 с ДНК