Для задания я выбрала Сизого голубя (Columba livia). Изначально остановилась на Европейском козодое, уже сделала с этим организмом все задания, но у него не оказалось файла с предсказанными белковыми последовательностями. Следующая моя любимая птица – птица-секретарь, у нее такая же проблема с файлом. Я расстроилась и выбрала в итоге Сизого голубя. Этот вид в глубокой древности был приручен человеком. Но одомашненные голуби не утратили способности скрещиваться с дикими особями и скорее всего это приведет к вымираю вторых.
В гаплоидном наборе 41 хромосома.
Cборку я нашла среди геномов в NCBI следующим запросом: Columba livia (rock pigeon)
Запрос выдал мне 8 сборок, первая была референсной и с хромосомным уровнем сборки (это значит, что в сборке присутствуют последовательности одной или более хромосом), что мне как раз подходит: bColLiv1.pat.W.v2.
Таблица 1. Характеристики выбранной геномной сборки
| GenBank | GCA_036013475.2 |
|---|---|
| RefSeq | GCF_036013475.1 |
| Genome size | 1.3 Gb |
| Number of scaffolds | 869 |
| Scaffold N50 | 69 Mb |
| Scaffold L50 | 6 |
| Number of contigs | 1118 |
| Contig N50 | 14 Mb |
| Contig L50 | 8 |
N50 – длина контига/скэффолда, для которого половина всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины.
L50 – минимальное число контигов/скэффолдов, в которых содержится половина всех нуклеотидов сборки.
Так как сборку отметили референсной после аннотирования, то можно сказать, что она отражает биологическую информацию о геноме выбранного организма.
Со страницы NCBI были скачаны нуклеотидная последовательность генома, последовательности белков и последовательность генома с аннотацией.