Практикум 2. Филогенетическая реконструкция и сравнение деревьев.

Создала выравнивание последовательностей цитохромов B из выбранных при выполнении предыдущего практикума животных:

muscle -align cyb.fasta -output cyb-alignment.fasta

Далее с помощью библиотеки BioPython изменила формат файла с fasta на phylip-relaxed для дальнейшей работы программы FastME (получила файл cyb.phy).

Реконструировала дерево с помощью программы FastME:

Использовав модель p-distance: fastme -pp -i cyb.phy -o cyb-p.tre

Использовав модель MtREV: fastme -pm -i cyb.phy -o cyb-m.tre

Реконструировала дерево программой IQ-Tree: iqtree -s cyb.phy

С помощью программы iTOL получила изображение деревьев, далее нужно их сравнить с деревом, построенным на основе систематики NCBI.

Сравнение деревьев:


Рис. 1. Дерево, построенное на основе систематики NCBI	Рис. 2. Дерево, реконструированное программой FastME, модель p-distance

Сравнение Рис.1 и Рис. 2: деревья имеют одинаковую топологию


Рис. 1. Дерево, построенное на основе систематики NCBI	Рис. 3. Дерево, реконструированное программой FastME, модель MtREV

Сравнение Рис.1 и Рис. 3: деревья имеют одинаковую топологию


Рис. 1. Дерево, построенное на основе систематики NCBI	Рис. 4. Дерево, реконструированное программой IQ-Tree

Сравнение Рис.1 и Рис. 4: На Рис. 1 (дерево, построенное на основе систематики NCBI) SCATO и SORSU образуют отдельную кладу, а на Рис. 2 (дерево, реконструированное программой IQ-Tree) ветвь SORSU отходит раньше, чем ветвь SCATO.