Скачала последовательности 12S рРНК для выбранных мною животных. Я не смогла найти последовательность для рода Scapanus (SCATO), поэтому дерево реконструировала без него.
Далее создала множественное выравнивание, изменила формат fasta на phylip-relaxed. Реконструировала дерево программой IQ-Tree.
|
|
|
| Рис. 1. Дерево, построенное на основе систематики NCBI | Рис. 2. Дерево, реконструированное программой IQ-Tree на основе последовательности 12S рРНК |
Сравнение Рис.1 и Рис. 2: на Рис.2 (дерево, реконстурированное программой IQ-Tree на основе последовательностей 12S RNA) ветвь SORSU отходит раньше, чем ветвь (MAMPR,ELEMA), в отличие от Рис.1 (дерево, основанное на таксономии NCBI).
|
|
| Рис. 3. Дерево, реконструированное программой FastME, модель MtREV, на основе последовательности цитохрома b | Рис. 2. Дерево, реконструированное программой IQ-Tree на основе последовательности 12S рРНК |
Сравнение Рис.2 и Рис. 3: (дерево на Рис.3 топологично дереву на Рис.1) на Рис. 2 (дерево, реконстурированное программой IQ-Tree на основе последовательностей 12S RNA) ветвь SORSU отходит раньше, чем ветвь (MAMPR,ELEMA), в отличие от Рис.3 (дерево, реконструированное программой FastME, модель MtREV, на основе последовательности цитохрома b).
|
|
| Рис. 4. Дерево, реконструированное программой FastME, модель p-distance, на основе последовательности цитохрома b | Рис. 2. Дерево, реконструированное программой IQ-Tree на основе последовательности 12S рРНК |
Сравнение Рис.2 и Рис. 4: (дерево на Рис.4 топологично дереву на Рис.1) на Рис. 2 (дерево, реконстурированное программой IQ-Tree на основе последовательностей 12S RNA) ветвь SORSU отходит раньше, чем ветвь (MAMPR,ELEMA), в отличие от Рис.4 (дерево, реконструированное программой FastME, модель p-distance, на основе последовательности цитохрома b).
|
|
| Рис. 5. Дерево, реконструированное программой IQ-Tree на основе последовательности цитохрома b | Рис. 2. Дерево, реконструированное программой IQ-Tree на основе последовательности 12S рРНК |
Сравнение Рис.2 и Рис. 5: на Рис. 2 (дерево, реконстурированное программой IQ-Tree на основе последовательностей 12S RNA) ветвь SORSU отходит раньше, чем ветвь (MAMPR,ELEMA), в отличие от Рис.5 (дерево, реконструированное программой IQ-Tree на основе последовательности цитохрома b).
Для укоренения выбрала животное из группы Prototheria, а именно Zaglossus bruijni (ZAGBR) (Проехидна Брюйна). Реконструировала дерево с помощью программы IQ-Tree.
После укоренения во внешнюю группу расхождение ветвей не изменилось (сраниваем с Рис. 2).
Реконструировала дерево по последовательностям цитохрома b с использованием 100 реплик бутстрепа. Деревья, реконструированные программой fastme, в моем случае были топологичны с деревом, составленным на основе систематики NCBI. Наименьшую поддержку имеет ветвь (SORSU,SCATO), как раз с ней были проблемы при реконструкции программой IQ-Tree.
