Результаты

Задание 1

Результаты программы einverted далеки от реальности, как ни подбирай параметры. Наиболее близкий к правде вариант представлен ниже, представляющий из себя стебель с перыми и последними нуклеотидами. Использованные параметры: gap=12, threshold=2, match=3, mismatch=4.

Рис. 1. Выдача einverted.

Результат алгоритма Зукера представлен ниже, он достаточно близок к действительной структуре тРНК 1gts.

Рис. 2. Выдача ViennaRNA по алгоритму Зукера.
Табл. 1. Сравнение выдачи einverted с действительной вторичной структурой.

Задание 2


Упр.1

Структура ДНК-белкового комплекса - 1pp8.

Файлы-скрипты - получение наборов заданных атомов и выделение данных атомов.

Упр.2

Файл-скрипт получения наборов потенциально взаимодействующих атомов доступен здесь.

Табл. 2. Контакты белка с ДНК в структуре 1pp8.
Упр.3

Схема ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot.

Упр.4

Аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК - Lys79.

Аминокислотный остаток наиболее важный для распознавания последовательности ДНК - Arg81. Данный а-к. остаток имеет 3 полярных контакта с остатками гуанина, тимина и цитозина.

Рис. 2. Полярные контакты Lys79 с остатками фосфата.
Рис. 3. Полярные контакты Arg81 с гуанином, тимином и цитозином (слева направо).