Задание 1.
Выбран геном GCF_000002985.6, принадлежащий Caenorhabditis elegans.
Свободноживущий круглый червь (нематода). Длина тела 1 мм. Зрелый гермафродит состоит из 959 клеток. [1]
Геном представлен 5 аутосомами, одной X-хромосомой и митохондриальной хромосомой; генов ~20 тыс. Два пола (самцы ХО и гермафродиты ХХ).[2] Первое многоклеточное, чей геном полностью секвенирован.[1]
Запрос - Caenorhabditis elegans, результат - 56 сборок. Воспользовался фильтром - выбрал качество сборки "полные геномы", получил 2 генома
Среди них один референсный и аннотированный NCBI RefSeq и автором - это WBcel235.
Уровень сборки - полный геном. Т. е. все 5 аутосом, половая X хромосома и митохондриальная.
Задание 2.
Scaffold N50 - длина (наибольшая) скэфолда, для которого хотя бы половина всех нуклеотид сборки содержится в скэфолдах такой и большей длины.
Scaffold L50 - число (наименьшее) скэфолдов, которые покрывают не менее 50% нуклеотидов сборки.
Аналогично для Contig N50 и Contig L50.
У мною выбранной сборки число ядерных хромосом - 6 - совпадает с числом скэфолдов и контигов (табл. 1) - это означает, что сборка была выполнена без разрезов хромосом на скэфолды и скэфолдов на контиги. Данная сборка полностью отражает всю информацию о геноме Caenorhabditis elegans - в ней представлены все хромосомы (включая митохондриальную), более того - они целые, т. е. получены без разрезов.
Задание 3.
Скачанные файлы:
- GCF_000002985.6_WBcel235_genomic.gbff - аннотированная последовательность ядерных и митохондриальной хромосом.
- GCF_000002985.6_WBcel235_genomic.fna - последовательности всех семи хромосом без аннотаций в fasta формате.
- GCF_000002985.6_WBcel235_cds_from_genomic.fna - кодирующие последовательности, нет без аннотаций, формат fasta.
[1] - https://ru.wikipedia.org/wiki/Caenorhabditis_elegans
[2] - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK453431/
[3] - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000002985.6/
Задание 4.
Как было отмечено ранее, в данной сборке есть генетический материал из орагнеллы - митохондриальная хромосома.
