Отчёт по практикумам 1 и 2 четвёртого семестра

Кучевский Максим, группа 201

Отобранные животные, их мнемоники и таксономия
ВидМнемоникаТаксономия
Caiman crocodilus CAICR Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Archosauria; Crocodylia; Alligatoridae; Caimaninae
Nothoprocta perdicaria NOTPE Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda; Coelurosauria; Aves; Palaeognathae; Tinamiformes; Tinamidae
Chelonia mydas CHEMY Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Testudinata; Testudines; Cryptodira; Durocryptodira; Americhelydia; Chelonioidea; Cheloniidae
Francolinus francolinus FRAFR Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda; Coelurosauria; Aves; Neognathae; Galloanserae; Galliformes; Phasianidae; Perdicinae
Pavo muticus PAVMU Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda; Coelurosauria; Aves; Neognathae; Galloanserae; Galliformes; Phasianidae; Phasianinae
Falco femoralis FALFE Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda; Coelurosauria; Aves; Neognathae; Neoaves; Telluraves; Australaves; Falconiformes; Falconidae
Herpetotheres cachinnans HERCA Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda; Coelurosauria; Aves; Neognathae; Neoaves; Telluraves; Australaves; Falconiformes; Falconidae
Phalcoboenus australis PHAAS Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda; Coelurosauria; Aves; Neognathae; Neoaves; Telluraves; Australaves; Falconiformes; Falconidae
Aptenodytes patagonicus APTPA Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda; Coelurosauria; Aves; Neognathae; Neoaves; Aequornithes; Sphenisciformes; Spheniscidae
Fregetta tropica FRETR Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Sauropsida; Sauria; Archelosauria; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda; Coelurosauria; Aves; Neognathae; Neoaves; Aequornithes; Procellariiformes; Hydrobatidae
Скобочная формула референсного дерева

(CHEMY,(CAICR,(NOTPE,((FRAFR,PAVMU),((FALFE,HERCA,PHAAS),(APTPA,FRETR))))))

Изображения деревьев
Рис. 1. Филогенетическое древо, построенное по таксономиям NCBI. Принято за референс.
Рис. 2. Филогенетическое древо, полученное программой fastme по модели p-distance.
Рис. 3. Филогенетическое древо, построенное программой iqtree на стандартных настройках.
Рис. 4. Филогенетическое древо, построенное программой fastme по модели MtREV.

Филогенетическое древо, полученное по таксономиям NCBI (Рис.1), будем считать референсным.

Сразу заметим, что филогенетические деревья, полученные программой fastme по моделям p-distance (Рис.2) и MtREV (Рис.4) идентичны.

Все программы правильно расположили CHEMY (зелёная морская черепаха), CAICR (кайманский крокодил), одинаково разрешили трихотомию HERCA-FALFE-PHAAS (смеющийся сокол, южноамериканский сокол, южная горная каркара соответственно), дихотомически объединив в одну кладу FALFE и PHAAS; все программы правильно объединили FRAFR (турач) и PAVMU (зелёный павлин) в одну кладу Фазановых, но одинаково неправильно расположили в дереве целиком; все программы одинаково расположили FRETR (чернобрюхая качурка) в дихотомии с бывшей трихотомией соколов (HERCA, FALFE, PHAAS).

iqtree (Рис.3) и fastme (Рис.2,4) разошлись во мнении лишь в одном аспекте - как расположить APTPA (королевский пингвин) и NOTPE в дереве. NOTPE (чилийский степной тинаму), являясь бескилевой птицей, так и вовсе оказалась внутри новонёбных птиц в обоих случаях. Ни одна программа не объединила APTPA с FRETR в одну кладу, хотя обе птицы принадлежат кладе Aequornithes. У всех деревьев программ FRAFR и PAMVU получаются в родстве со странной группой, объединяющей безкилевых и новонёбных птиц.