Я поставил базу данных на swiss-prot, а максимальное количество результатов на 5000, так как сначала забывал сменить базу данных, и получал огромное количество результатов. В итоге я получил всего 550 результов.
Я взял белки: B1M1U6, A1B4Z8, B4RCA4, A4WNI9, B0T387, так как они обладали e-value максимально малым не равным 0.
Файл с выравниванием: *ссылка*. Белки кажутся гомологичными.
Я выбрал белок с id POLG_HCVE1 и ac P27954 из Hepatitis C virus (isolate EC1) (HCV). Там я выбрал белок сназванием "Mature core protein", идущим от 1 до 61 аминокислотного остатка.
Тем же принципом, что и в первом задании, для выравнивания я выбрал белки: P27954, P27956, P27957, Q00269, Q913D4.
Файл с выравниванием: *ссылка*. У всех белков есть полностью совпадающий(только у одного из белков отличается одна аминокислота, но это не сильная проблема) участок в виде зрелого белка, что вероятно является следствием маленького p-value(но оно не равно 0).
FASTA-файл: *ссылка*
Список находок не изменился, однако изменилось p-value. К примеру, у белка P27956, p-value изменилось от 3e-36 до 1e-37, то есть вирусных белков 1/30 от всех.