Мною был выбран домен PF12913
AC: PF12913
ID: SH3_6
Название: SH3 domain (SH3b1 type)
seed: 38
full: 399
Архитектур: 18
Домен распространен исключительно среди бактерий. Для примерно трети бактерий не описана таксономия. Большая часть всех бактерий входят в тип proteobacteria. Если не считать бактерии без четкой таксонимии, представлено 8 типов.
Это домен от C-конца до N-конца, вероятно являющийся стабилизирующим доменом для структуры с PDB 3m1u.
Файл: *сслыка*
Абсолютно достоверных блоков нет. Нет ни одного абсолютно консервативного столба. На 97% находится столб, где не совпадает одна аминокислота. Начиная с 94% появляется еще 3 столба без 2 совпадающих аминокислот, тем самым 4 относительно консервативных столба, где можно искать достоверные блоки. Это значит, что нет максимально достоверного блока, включающего все последовательности. Максимально достоверный блок с наибольшим количеством последовательностей состоит из 36 последовательностей. Из-за гэпов, я могу получить только один такой блок.
Шириной он в 12 остатков. Интересно, что обе границы состоят из аминокислоты триптофана. Внутри можно найти еще маскимально достоверные блоки, не включающие одну/обе границы. Так, если не брать правую, максимальное количество последовательностей внутри блока станет 30, если убрать обе 21.
Есть участок, включающий в себя 9 последовательностей, широной в 4 аминокислоты, состоящий исключительно из гэпов.
Если искать самый "широкий", а не "высокий" блок, то мы сможем найти блок шириной в 36 аминокислот и сожержащий 31 последовательность. Этот участок лучше всего говорит о эволюции данной группы белков.