Двенадцатый практикум

Второе задание

Не долго думая, я взял белки из 9 практикума, уже подвергавшиеся выравниванию. В jalview я выравнял их с помощью muscle и tcoffee. Далее, благодаря программе Лизы Плешко, я нашел четыре одинаковых блока: с 87 по 139 позицию первого и 88-140 второго, с 143 по 274 первого и 145-276 второго, с 294 по 932 первого и 298-936 второго, с 990 по 997 первого и 1000-1007 второго выравнивания.

Файл с табличкой: *сслыка*. Я немного изменил выдачу программы Лизы, так как на моем компьютере запятые используются в числах, и выход программы Лизы рассматривался не как текст, а как число, что превращало 60 в 6 и так далее.

Третье задание

Я взял семейство PF00001, и из него 3 белка: 7EXD, 7E32, 7E33. Как видно, существенных отличий не наблюдается.

Далее я построил выравнивание с помощью программ MSA, и белки и в правду оказались гомологичны.

Четвертое задание

Muscle - MUltiple Sequence Comparison by Log- Expectation - это одна из программ MSA, заявляющая, что имеет большую точность и скорость чем TCOFFEE, MAFFT, CLUSTALW, что было проверено на 4 тестах, в которых MUSCLE достигал наивысших, или делил наивысшие результаты.

Алгоритм, используемый MUSCLE, схож с таковыми у PRRP и MAFFT. В создании дерева важным шагом является попарное выравние профилей, используемое для последовательного выравния, а затем для уточнения.