Предисловие: в дополнительном задании я использовал белок с id 2GVV, так как у назначенного мне белка отсутвует статья.

Третий практикум

Структура в целом

Данный белок состоит из одной макромолекулы, являющейся потенциальным тиолом. Есть 4 одинаковых цепи, входящих в единственную макромолекулу.

**Рисунок 1.** изображение белка. Цепь A: красная, цепь B: синия, цепь C: сиреневая, цепь D: лимоновая.

Отдельные цепи

**Рисунок 2.** вторичная структура белка. Альфа-спирали: бирюзовые, бета-тяжи: сиреневые. Как видно, тяжей больше, чем спиралей.

Единственная макромолекула белка принадлежит бактерии Chlorobaculum tepidum TLS (зеленая серная бактерия). Uniptot ID: Q8KDH8, мутаций нет. При этом есть 16 модифицированных аминокислот, все из которых являются метионином. Файл, содержащий строки с информацией: *ссылка*.

Малые молекулы

В белке, по заявлению страницы на pdb, присутвует всего один тип малых молекул - selenomethionine (MSE), присутвующих во всех цепях белка. Однако в файле формате pdb я нашел так же заявление о присутствии воды (HOH) в молекуле. Информация о малых молекулах в файле .pdb: *ссылка*

Взаимодействия между аминокислотными остатками

В данном белке пристувуют все типы взаимодействий, кроме дисульфидных мостиков. Примеры приведены ниже.

**Рисунок 1.** Водородные связи в остове белка.

**Рисунок 2.** Водородные связи между радикалами.

**Рисунок 4.** Солевой мостик между аргинином и аспарагиновой кислотой.

**Рисунок 5.** Стекин фенолаланина и фенолаланина.

Дополнительное задание

К сожалению, статья о назначенной мне молекуле не выпущена, так что я буду использовать белок с pdb id 2GVV. В данном белке две малые молукулы: дициклопентилфосфорамидат (DI9) и ионы кальция (CA). DI9 служит для координации фосфорильного кислорода, и в качестве катализатора используется CA.