Предисловие(опять): геном моей бактерии не дошел до UniProt, так что я буду использовать родственную бактерию Nitratireductor basaltis

Седьмой практикум

1 задание

Я использовал запрос (taxonomy_id:472175) в UniProtKB. Это выдало мне 3450 результатов.

После я выбрал все аннотации с оценкой 4 (к сожалению не было таковых с оценкой 5), их оказалось 12. Путем рандомайзера я выбрал белок AC: A0A084U7V9.

2 задание

Название белка: РНК-метилтрансфераза двойной специфичности RlmN. В белке 407 аминокислот. Этот белок определяют 2 позицию метильной группы в аденине 2503 в 23S рРНК и в аденине 37 в тРНК.

3 задание

Конкретно мой белок содержится исключительно в бактреии Nitratireductor basaltis, однако подобные белки содержатся в 3349 организмах. Сам белок не особо популярен.

4 задание

(uniprot_id:A0A084U7V9) AND (taxonomy_id:83333)

Попытка узнать, есть ли подобный исследуемому белок у кишечной палочки. Не оказалось.

(length:[407 TO 407])

Сколько всего белков в UniProtKB с таким же размером как и исследуемый белок: 312664.

(taxonomy_id:472175) AND (keyword:KW-0808)

Сколько всего трансфераз у бактерии: 431.