Предисловие: в качестве моей бактерии я беру Nitratireductor basaltis, как и в прошлом задании.

Восьмой практикум

Первое задание

Я взял референсные протеомы меой бактерии и бактерии Mesorhizobium amorphae, так как она живет в клубеньках растения Amorpha fruticosa

wget "https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=UP000053675" -O UP000053675.swiss.gz

wget "https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=UP000002949" -O UP000002949.swiss.gz

Общие сведения о протеомах

Nitratireductor basaltis(UP000053675)

Всего белков 3449, CPD: Close to standard (high value), BUSCO: C:98.7% (S:98.4% D:0.3%) F:0.6% M:0.6%. CPD довольно низко, но это единственный протеом для моей бактерии.

Mesorhizobium amorphae(UP000002949)

Всего белков 7083, CPD: Outlier (low value), C:99.7% (S:99.7% D:0%) F:0.2% M:0.2%

Второе задание

Доля трансмембранных белков

UP000053675: 20.76%

(proteome:UP000053675) AND (ft_transmem:*)

UP000002949: 18.45%

(proteome:UP000002949) AND (ft_transmem:*)

Доля ферментов

UP000053675: 20.41%

(proteome:UP000053675) AND (ec:*)

UP000002949: 12.57%

(proteome:UP000002949) AND (ec:*)

Доля оксидоредуктаз

UP000053675: 5.25%

(keyword:KW-0560) AND (proteome:UP000053675)

UP000002949: 4.83%

(keyword:KW-0560) AND (proteome:UP000002949)

Так как Mesorhizobium amorphae фиксирует азот, ей нужны оксидоредуктазы, так что я посмотрел на их количество. Хотя относительное количество меньше, абсолютное холичество ферментов больше.

Третье задание

Я посчитал процент аминокислот в каждой из бактерий. Nitratireductor basaltis и Amorpha fruticosa. Их аминокислотный состав практически полностью совпадает. Судя по всему несколько аминокислот у Nitratireductor basaltis не выяснены, так как их однобуквенные обозначения просто X. Код на питоне