Девятый практикум

Первое задание

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
50S ribosomal protein L35 RL35_ECOLI RL35_BACSU 151.0 48.5% 59.1% 1 1
Altronate dehydratase UXAA_ECOLI UXAA_BACSU 1566.5 58.8% 74.2% 8 3
DNA mismatch repair protein MutS MUTS_ECOLI MUTS_BACSU 1559.0 38.9% 59.7% 77 11

*Для 50S ribosomal protein L35 есть второе имя D-altronate hydro-lyase

Второе задание

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
50S ribosomal protein L35 RL35_ECOLI RL35_BACSU 157.0 57.4% 68.5% 0 0 83.08% 81.82%
Altronate dehydratase UXAA_ECOLI UXAA_BACSU 1567.5 59.2% 74.6% 7 2 99.60% 99.40%
DNA mismatch repair protein MutS MUTS_ECOLI MUTS_BACSU 1562.0 39.5% 60.5% 70 10 98.59% 99.18%

*Для 50S ribosomal protein L35 есть второе имя D-altronate hydro-lyase

Третье задание

Analys ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Needle MUTS_ECOLI RL35_ECOLI 15.5 2.1% 3.7% 800 7 - -
Water MUTS_ECOLI RL35_ECOLI 28.5 20.6% 36.5% 24 3 07.39% 60.00%

Сравнение белков DNA mismatch repair protein MutS и 50S ribosomal protein L35 из E. Coli

Четвертое задание

Файл: ссылка. Используемые белки: MUTS_XANCP, MUTS_RICM5, MUTS_PSEA7, MUTS_PROM1, MUTS_GEOSL. Выравние делалось через jalview. Бекли кажутся гомологичными, совершенно консервативные участки разбросаны по всей последовательности, и состоят менее чем из 10 аминокислот.