Я взял хромосомы бактерий Bacillus anthracis (возбудителя сибирской язвы) и Bacillus cereus. Для megablast и blastn были выбраны стандартные настройки. Как видно, я взял очень близкие организмы, ибо никаких мутаций не происходило, и на графике вырисовывается прямая линия. "Помехи" blastn появляются из-за лучшего распознавания совпадающих фрагментов.