Второй практикум

Первое задание

С помощью программы fiber были построены A-, B- и Z- формы дуплекса ДНК.

Второе задание

Рисунок 1. Бороздки в сгенерированной ДНК.
Рисунок 2. Бороздки в ДНК взятой из базы данных (3v9d).
Рисунок 3. Аденин в цепочке ДНК.
  • В сторону большой бороздки обращены атомы a18.n1, a18.с5, a18.n6, a18.c6, a18.n7, a18.c8
  • В сторону малой бороздки обращены атомы a18.c2, a18.n3, a18.c4, a18.n9
Рисунок 4. Направленность атомов в аденине.
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали Правая Правая Левая
Шаг спирали (Å) 28.0 33.8 43.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 17.0 (DG-9;DA-34) 17.9 (DA-10;DT-27) 18.3 (DC-2;DC-16)
Ширина малой бороздки 8.0 (DG-9;DG-25) 11.7 (DA-10;DT-35) 8.7 (DG-9;DG-17)

Третье задание

Стебли

1-13: Strand I 901-954, Strand II 972-958

15-28: Strand I 938-915, Strand II 932-948

31-42: Strand I 1902-1954, Strand II 1971-1958

44-57: Strand I 1938-1915, Strand II 1932-1948

Неканоничные пары

5 U-*---G

13 t-**--A

14 P-**+-G

15 C-**--P

17 U-*---G

21 A-**--G

22 G-*---U

25 P-*---G

26 U-**--A

27 A-**--A

28 A-**+-U

29 u-**+-U

34 U-*---G

42 t-**--A

43 P-**+-G

44 C-**--P

46 U-**--G

50 A-**--G

51 G-*---U

54 P-*---G

55 U-**--A

56 A-**--A

57 A-**+-U

58 u-**+-U

Дополнительные структуры

30: Strand I 918, Strand II 956

59: Strand I 1918, Strand II 1956