Третий практикум

Первое задание

Из базы данных PDB был скачан файл 1IL2.fasta с последовательностью тРНК. Для него использовалась программа einverted из пакета EMBOSS, которая позволяет найти инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях. Были получены следующие файлы: 1IL2_out.einverted и 1IL2_rnafold.txt.

**Рисунок 1.** Предсказанная алгоритмом Зукера вторичная структура тРНК.

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	901-907: 972-966	1-4: 71-74	1-8
D-стебель	910-912: 925-923	-	17-20
T-стебель	949-953: 965-961	-	49-52
Антикодоновый стебель	939-943: 931-927	-	25-31
Общее число канонических пар нуклеотидов	20	4	22

Второе задание

Скрипт для определения множеств: *ссылка*

Скрипт для описания ДНК-белковых фрагментов: *ссылка*

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	52	26	78
остатками фосфорной кислоты	48	-	48
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	-	16	16
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	-	10	10

С помощью программы nucplot необходимо было получить схему ДНК-белковых контактов. Программа работает только со старым форматом PDB, поэтому формат был изменен с помощью команды:

remediator --old 1odh.pdb > 1odh_old.pdb

**Рисунок 2.** Выдача программы nucplot.

**Рисунок 3.** Продолжение выдачи программы nucplot.

Далее было необходимо найти аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК. Aминокислотный остаток с наибольшим числом контактов с ДНК, указанных на схеме – Asn65. Образует наибольшее число контактов на схеме - 2. Наиболее важный для распознавания последовательности ДНК аминокислотный остаток – также Asn65. Представлено несколько взаимодействий с -О.

**Рисунок 4.** Asn65 взаимодействует с кислородом цитозина (1009) (нуклеотид выделен зеленым).

**Рисунок 5.** Asn65 взаимодействует с азотом гуанина (1008) (нуклеотид выделен красным).