Восьмой практикум
Первое задание
В этом задании я продолжаю работать с геномом Felis Catus (кошка домашняя), GenBank: GCA_018350175.1
Фрагмент генома, который я выбрал, находится в хромосоме кошки A1. Хромосома находится в базе данных RefSeq под идентификатором NC_058368.1. Координаты фрагмента от 3019640 до 3027496 нуклеотида.
В фрагменте есть один ген: LOC123380876. Ссылка на фаста-файл: *нажать сюда*
При поиске через BLAST вышли очень странные результаты. Я хотел смотреть соседние классы: рыб, рептилий, птиц, но ничего не находилось. Поэтому я смотрел по грызунам. tblastx я воспользоваться не смог, ибо в описании гена не сказанно, какие белки он экспресирует. Зато смог воспользоваться оставшимися тремя вариантами: blastn, megablast, blastx
blastn (длинна слова 11): 4999 результатов
megablast (длинна слова 28): 13 результатов
blastx (длинна слова 5): 0
Всего в blastx, без ограничения на грызунов, было 120 результатов. Опустив длинну слова до 2, я получил 49 результатов, с ограничением на грызунов. Я не смог воспользоваться tblastx, так как участок не содержал аннотированных белков, и я не могу ничего искать в tblastx без белка.
Второе задание
makeblastdb -in ../cat.fna -dbtype nucl
В данном файле находились рРНК 16S и 23S рибосом. Я использовал blastn, чтобы найти близкие последовательности, а так же ограничил e-value до максимум 0.05, чтобы найти гомологичные последовательности, все остальные настройки не менял. Команды:
blastn -task blastn -query ../16S_rRNA_ecoli.txt -db ../cat.fna -out 16S_cat.txt -evalue 0.05
blastn -task blastn -query ../23S_rRNA_ecoli.txt -db ../cat.fna -out 23S_cat.txt -evalue 0.05
В случае 16S рРНК, было представлено 4 выравнивания, при этом во всех выравниваниях со стороны генома кишечной палочки была взята одна и та же последовательность из 43 нуклеотидов. В случае 23S рРНК было уже 13 выравниний, хоть там и попадался один и тот же участок в нескольких. В выходном файле не было представлено описаний последовательностей, вошедших в выравнивания, да и она все достаточно маленькие, видимо стандартные условия слишком строгие, либо рибосомы кошки уже сильно отличаются от таковых у кишечной палочки.