Десятый практикум

Я выбрал семейство Eukaryotic aspartyl protease (PF00026), у которых есть консервативное ядро из трех дисульфидных мостиков.

Seed, 24 последовательностей

При remove redundancy 90% ничего не удалилось.

Консервативный мотив был найден путем раскраски above identity threshold 70%. Паттерн - [FLIV]DTGS[SAP] ([FLIV]-D-T-G-S-[SAP]), у всех последовательностей.

В prostite было найдено 380 находок среди 376 последовательностей.

В выравнивании было найдено аж... 3 друг на друг стоящим мотива, а всего в выравнивании было 5 мотивов.

Мотив в кладе есть на 82% сходности: G[EA]I[GT]IGTP[SP]Q.F.V.FDTGS[SA]N[LV]WVPS, гораздо длиннее прошлого.

PSI-blast

Я взял белок с AC:Q7VDL2, Probable septum site-determining protein MinC из бактерии Prochlorococcus marinus. Данный белок ингибирует клеточное деление, предотвращая формирование Z-кольца.

Я взял последовательность генома Nitratireductor kimnyeongensis и всунул ее в cbcalc, потом результат в R и получил гистограмму.

cbcalc -s GATC.txt -M -o term4v2-pr10-5.tsv term4v2-pr9-2.fna

Для de novo поиска скачал все белки с галочкой reviewed, взял первые 100 из них.

meme term4v2-pr10-7.fasta -o results -mod anr -minw 4 -maxw 8 -nmotifs 4

fimo results/meme.txt term4v2-pr10-6.fasta

Выход. Итого, 1301 результат.

Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	146	Q9AG20.1	0.005	A8GFG7.1	0.005
2	188	B6JKX0.1	7e-08	-	-
3	189	Q9ZM51.1	2e-12	A7H8E6.1	0.014
3	189	A8MHK8.1	0.001	A7H8E6.1	0.013