Шестой практикум

*Файлик*

Я использовал следующие базы данных: STRING и Gene Ontology. Выданные мне белки связаны с сахарами, в основном с фукозами, кроме блека GMDS, связанный с манозой.

FCSK - L-фукоз киназа

SLC35C1 - ГДФ-фукоза транспортер 1

GMDS - ГДФ-манноза 4,6 дегидратаза

FPGT - фукоза-1-фосфат гуанилтрансфераза

FUOM - фукоза-мутаротаза

GFUS(TSTA3) - ГДФ-L-фукоза синтетаза

STRING - база данных о взаимодейтсвии генов, от известных доказанных в статьях, до таких вещей как встреча двух генов о одной статье и треп бабушек на скамейке.

Я решил использовать лишь наиболее достоверные интеракции генов, и получил такой вот смайлик (рисунок 1).

FPGT И TSTA3 имеют лишь два вида интеракций: встречаются вместе в стаьях (такое себе) и имеют некую ассоциацию в курируемых базах данных.

FPGT и FCSK имеют три вида интеракций - встречаются вместе в статьях, имеют ассоциацию в курируемых базах данных и их белки гомологичны.

GMDS и TSTA3 имеют все возможные для сервиса STRING интеракции, а FUOM и SLC35C1 вышли погулять, и не хотят общаться с остальными генами :(

Вывод: связанные гены, а именно их белки, так или иначе синтезируют/используют вещества, используемые/синтезированные белком, c которым они связаны.

*Файлик*

GO - сервис для функционального обогащения, нахождения разнообразных путей биологических процессов.

Как видно (рисунок 2) гены замешаны в усвоении ГДФ-L-фукозы с pvalue < 0.001, а так же с 'de novo' биосинтезом ГДФ-L-фукозы, с еще меньшим pvalue.

Процесс усвоения, в частости, является частью следующих процессов: утилизации метаболических соеденений и биосинтеза ГДФ-L-фукозы. Биосинтез фукозы, в свою очередь, глобально является частью метаболизма фосфора, метаболическим синтезом мелких молекул и метаболизма ГДФ-L-фукозы, а так же некоторых других близких процессов.

Вывод: как и ожидалось, если в названии белков есть слово фукоза, то метаболические пути будут связаны с фукозой.