Седьмой практикум

Я взял неселективный потенциал-зависимый анионный канал VDAC1 (Non-selective voltage-gated ion channel VDAC1) человека. Этот белок осуществляет транспортировку ионов через внешнюю мембрану митохондрии и плазменную мембрану.

PDB: 6g73

Uniprot: VDAC1_HUMAN

*Выход DeepTMHMM*

OPM	DeepTMHMM
---	Beta sheet 18 22
1(26-33)	Beta sheet 26 31
2(40-46)	Beta sheet 41 47
3(54-62)	Beta sheet 56 62
4(70-74)	Beta sheet 69 75
5(81-88)	Beta sheet 81 87
6(95-103)	Beta sheet 96 104
7(111-120)	Beta sheet 112 118
8(122-130)	Beta sheet 124 131
9(137-146)	Beta sheet 136 144
10(147-156)	Beta sheet 150 157
11(167-173)	Beta sheet 166 173
12(180-184)	Beta sheet 180 184
13(191-196)	Beta sheet 190 195
14(204-209)	Beta sheet 205 209
15(219-226)	Beta sheet 218 224
16(231-238)	Beta sheet 232 237
17(243-249)	Beta sheet 243 249
18(255-263)	Beta sheet 257 262
19(273-281)	Beta sheet 274 281

**Рисунок 1.** Графический вывод DeepTMHMM. Красные столбцы - отдельные бета листы, высота пропорциональна вероятности.

Как видно, DeepTMHMM предсказывает все листы с ошибкой в несколько аминокислот, что вероятно связано с несовершенностью модели. Кроме того, модель предсказала лишний бета лист, пусть и с низкой уверенностью (рис.1), а также не уверена на счет второго бета листа. Вероятно последовательность на бета лист, что и вызывает у модели недопонимание.

Теперь выданный белок. Это белок Dickeya dadantii ГАМК-рецептор субъединица бета-1 (Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1)

PDB: 5heo

Uniprot: E0SJQ4_DICD3

*Выход DeepTMHMM*

**Рисунок 2.** Графический вывод DeepTMHMM. Красные столбцы - отдельные бета листы, высота пропорциональна вероятности.

И опять, ошибки в пару аминокислот, однако в этот раз нет лишних столбцов.

OPM	DeepTMHMM
1(202-224)	TMhelix 205 225
2(230-251)	TMhelix 232 252
3(261-282)	TMhelix 261 282
4(299-315)	TMhelix 302 320